Bien nourrir son microbiote

dimanche 22 janvier 2023 | il y a 8 mois
Bien nourrir son microbiote
Au cours des précédents articles, nous vous avons évoqué l’importance du microbiote intestinal dans diverses pathologies. Les bactéries et autres microorganismes vivant dans notre système digestif ont des rôles de plus en plus étudiés et démontrés dans le fonctionnement de notre système immunitaire. Il est donc important de prendre soin de son microbiote. Oui, mais comment ?

Il faut faire attention à certaines choses, si on veut préserver l’équilibre de sa flore intestinale. Par exemple, une alimentation trop riche en graisses peut entraîner des modifications du microbiote intestinal pouvant provoquer des dysbioses, soit un état de dysfonctionnement du microbiote1. La prise d’antibiotiques peut également induire des dysbioses, puisque cela élimine à la fois les bactéries pathogènes et les bactéries bénéfiques. Le phénomène est d’autant plus important au tout début de la vie, et ce même pendant la grossesse2. Fort heureusement, l’alimentation représente une façon d’aider son microbiote à être en bonne santé. Alors pour l’améliorer pensez à augmenter votre consommation des 3P : Probiotiques, Prébiotiques et Polyphénols.  

Les aliments fermentés
La fermentation des aliments a en premier lieu été réalisée afin de mieux les conserver. Elle est réalisée par une croissance contrôlée de microorganismes et par la transformation des éléments nutritifs3. Ces aliments fermentés se révèlent être de potentielles sources de probiotiques, qui sont des bactéries vivantes avec des effets positifs avérés pour la santé après leur consommation, et d’éléments bénéfiques issus de la fermentation. Ces aliments comme la choucroute, les yaourts ou encore le kimchi peuvent en effet contenir des probiotiques, pour la plupart des bactéries lactiques comme les Lactobacillus spp., et des composés produits par la fermentation4. Les aliments fermentés sont consommés depuis des milliers d’années, mais les études sur leurs réels effets sur le microbiote sont encore relativement peu nombreuses. Des études chez des personnes immuno-déprimées ayant des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) ont montré, chez ces personnes, une amélioration de leur microbiote intestinal, et de leur bien-être général après consommation de lait fermenté5,6. Récemment, une grosse étude citoyenne anglaise a reporté l’augmentation de Streptococcus thermophilus comme l’impact principal des yaourts sur le microbiote intestinal7. En général, les études sur les produits laitiers fermentés semblent pointer vers des modifications bénéfiques plus importantes du microbiote intestinal chez des individus qui ont déjà un microbiote perturbé4.  La consommation d’aliments fermentés, contenant des probiotiques, peut permettre d’améliorer la synthèse d’éléments bénéfiques et de réduire l’abondance des éventuels pathogènes5. De plus la consommation quotidienne d’aliments fermentés est une excellente façon d’augmenter la diversité de son microbiote intestinal17. Pour les autres types d’aliments fermentés, c’est surtout chez la choucroute, le pain au levain et le natto qu’a été démontré une amélioration du bien-être gastro-intestinal, faute d’essais cliniques pour d’autres aliments comme le kimchi ou le kombucha8.  

Les prébiotiques
Les prébiotiques, ou fibres prébiotiques, sont des composés qui ne nous nourrissent pas directement, nous ne pouvons pas les digérer par nous même,  mais qui nourrissent les microorganismes bénéfiques de notre flore intestinale, ce qui nous est ensuite profitable. Ils induisent généralement une augmentation de l’abondance des Lactobacillus et des Bifidobacterium, deux groupes de bactéries très utiles au bon fonctionnement du microbiote et à notre santé.  Les principaux prébiotiques sont l’inuline et les oligosaccharides. Le lait maternel est une importante source d'oligosaccharides qui permettent d’aider au bon développement du microbiote intestinal du nourrisson et par conséquent de favoriser son système immunitaire, pouvant par exemple réduire les risques d’allergies au cours de sa vie.  9–11 On trouve des prébiotiques dans de nombreux végétaux, comme la chicorée, les asperges, les artichauts, les topinambours, le blé complet ou encore les bananes. Une alimentation riche en fruits et légumes, avec peu de viande rouge, est plus profitable au microbiote et à la santé gastro-intestinal qu’un régime riche en viande12.  C’est pourquoi le régime méditerranéen (voir l’article sur le sujet ici) est bénéfique et est aujourd’hui reconnu comme le meilleur régime à suivre par la communauté scientifique. Les fruits à coques comme les noix pourraient également avoir des propriétés prébiotiques, en plus des vitamines, minéraux, omégas 3 et autres éléments bénéfiques qui les composent13. En plus de se retrouver dans les végétaux, des prébiotiques sont aussi commercialisés sous des formes plus isolées, comme l’inuline ou encore le tégument de la graine d’une espèce de plantain plus communément appelé psyllium. Le psyllium est particulièrement indiqué pour les personnes souffrant de constipation.  

Les polyphénols
Les polyphénols sont des composés qu’on trouve naturellement dans les végétaux notamment ceux colorés. Ils peuvent être absorbés par l’intestin grêle mais c’est surtout les produits de leur transformation par le microbiote intestinal après leur passage dans le gros intestin qui sont absorbés. Ces substances issues des polyphénols sont bénéfiques pour notre santé, et leur disponibilité et leur action dépendent presque entièrement des différentes bactéries du microbiote. La composition du microbiote influence la disponibilité de ces substances et chaque personne y est plus ou moins sensible. On trouve des polyphénols dans le thé vert, le vin rouge, le chocolat noir, les fruits à coque et surtout les fruits rouges, comme les cranberry ou les myrtilles. On accorde aux polyphénols et à leurs composés transformés de multiples propriétés : antioxydantes, anticarcinogènes, antimicrobiennes, et il se trouve que les polyphénols profitent également au bon fonctionnement du microbiote intestinal. En effet, la consommation de polyphénol semble favoriser certains groupes de bactéries bénéfiques comme les Bifidobacterium et les Akkermansia14,15. Diverses études ont par ailleurs montré un rôle préventif des polyphénols dans plusieurs maladies chroniques : ostéoporose, cancer, et diabète par exemple15,16.  

En bref,
Une alimentation riche en fruits et légumes, a toutes les chances d’aider votre microbiote intestinal à faire son travail, et la consommation de produits fermentés est une excellente façon d’augmenter sa diversité microbienne. Il faudra cependant encore des années de recherches pour déterminer l’envergure de l’impact que peut avoir l’alimentation sur le microbiote intestinal des patients, et comprendre l’impact des médicaments et de l’ensemble des composants chimiques auxquels nous sommes exposés sur nos bactéries intestinales.  

Rédigé par Laurence Sénéchal-Chevallier  


1.  Castaner, O. et al. The Gut Microbiome Profile in Obesity: A Systematic Review. Int J Endocrinol 2018, 4095789 (2018).
2.  Stiemsma, L. T. & Michels, K. B. The Role of the Microbiome in the Developmental Origins of Health and Disease. Pediatrics 141, e20172437 (2018). 3.  Marco, M. L. et al. Health benefits of fermented foods: microbiota and beyond. Curr Opin Biotechnol 44, 94–102 (2017).
4.  Stiemsma, L. T., Nakamura, R. E., Nguyen, J. G. & Michels, K. B. Does Consumption of Fermented Foods Modify the Human Gut Microbiota? J Nutr 150, 1680–1692 (2020).
5.  Veiga, P. et al. Changes of the human gut microbiome induced by a fermented milk product. Sci Rep 4, 6328 (2014).
6.  Yılmaz, İ., Dolar, M. E. & Özpınar, H. Effect of administering kefir on the changes in fecal microbiota and symptoms of inflammatory bowel disease: A randomized controlled trial. Turk J Gastroenterol 30, 242–253 (2019).
7.  Roy et al., « Yoghurt Consumption Is Associated with Changes in the Composition of the Human Gut Microbiome and Metabolome ».
8.  Dimidi, E., Cox, S. R., Rossi, M. & Whelan, K. Fermented Foods: Definitions and Characteristics, Impact on the Gut Microbiota and Effects on Gastrointestinal Health and Disease. Nutrients 11, 1806 (2019).
9.  Gibson, G. R. et al. Expert consensus document: The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the definition and scope of prebiotics. Nat Rev Gastroenterol Hepatol 14, 491–502 (2017).
10.       Davis, E. C., Dinsmoor, A. M., Wang, M. & Donovan, S. M. Microbiome Composition in Pediatric Populations from Birth to Adolescence: Impact of Diet and Prebiotic and Probiotic Interventions. Dig Dis Sci 65, 706–722 (2020).
11.       Cukrowska, B., Bierła, J. B., Zakrzewska, M., Klukowski, M. & Maciorkowska, E. The Relationship between the Infant Gut Microbiota and Allergy. The Role of Bifidobacterium breve and Prebiotic Oligosaccharides in the Activation of Anti-Allergic Mechanisms in Early Life. Nutrients 12, 946 (2020). 12.       Holscher, H. D. Dietary fiber and prebiotics and the gastrointestinal microbiota. Gut Microbes 8, 172–184 (2017).
13.       Lamuel-Raventos, R. M. & Onge, M.-P. St. Prebiotic nut compounds and human microbiota. Crit Rev Food Sci Nutr 57, 3154–3163 (2017).
14.       Roopchand, D. E. et al. Dietary Polyphenols Promote Growth of the Gut Bacterium Akkermansia muciniphila and Attenuate High-Fat Diet–Induced Metabolic Syndrome. Diabetes 64, 2847–2858 (2015).
15.       Cardona, F., Andrés-Lacueva, C., Tulipani, S., Tinahones, F. J. & Queipo-Ortuño, M. I. Benefits of polyphenols on gut microbiota and implications in human health. The Journal of Nutritional Biochemistry 24, 1415–1422 (2013).
16.       Gwiazdowska, D., Juś, K., Jasnowska-Małecka, J. & Kluczyńska, K. The impact of polyphenols on Bifidobacterium growth. Acta Biochim Pol 62, 895–901 (2015).
17. Wastyk,H. C.  et al. Gut-microbiota-targeted diets modulate human immune status. Cell . 2021 Aug 5;184(16):4137-4153.